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处理劳动合同争议除应遵循劳动争议处理的一般规定外，还应注意以下几个问题：
处理劳动合同争议的主要依据应是劳动合同。
因为劳动合同依法订立即具有法律约束力，双方必须执行，它是劳动者与用人单位确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议，一般来讲比较具体，而且法律上没有规定或没有明确规定的内容，只要双方当事人协商一致，都可写入合同，所以处理劳动合同争议应主要依据劳动合同。比如：有关分房、调离单位退房的问题，违约赔偿经济损失的标准，计算方法的问题，只要合同中有明确约定，发生劳动争议都应按合同执行，否则将很难处理。然而，目前由于人们的合同意识较差，法制观念淡薄，签订劳动合同的质量不高，因此劳动合同是处理合同争议主要依据的地位还不明显。
处理劳动合同争议应首先确认合同是否有效。
《劳动法》第18条规定了无效劳动合同的条件，即“违反法律、行政法规的劳动合同；采取欺诈、威胁等手段订立的劳动合同。”无效劳动合同，从订立之日起就没有法律约束力。部分条款无效的，如果不影响其余部分的效力，其余部分仍然有效。根据这一规定，在确认劳动合同是否有效的基础上，才能确定处理劳动合同争议的依据。如果在确认劳动合同是否有效的过程中，双方当事人发生争议，应首先向仲裁委员会申请确认，然后再处理其他合同争议。
何为特定条件下订立劳动合同争议
一般情况下劳动合同订立之前，用人单位与劳动者是不存在劳动关系的。因此，双方因订立劳动合同发生的争议不属于劳动争议。而特定条件下订立劳动合同争议，是指用人单位与劳动者由于某种原因已建立了事实上的劳动关系，此后又因补订劳动合同发生纠纷，所以这类争议属于劳动争议。劳动部在《关于劳动争议仲裁工作几个问题的通知》（劳部发[1995]338号）中，明确规定这类争议属于劳动争议的受理范围。
劳动合同无效时，处理合同争议应依据法律规范。
当确认劳动合同为无效合同后，处理合同争议应依据相关的劳动法律规范和其他法律规范，尽力保护当事人的合法权利。
处理劳动合同争议的依据
由于劳动合同的内容比较广泛，包括工资、社会保险、福利、培训、劳动条件等等，所以处理劳动合同争议适用的法律规范性文件也很广泛，主要有《劳动法》、《全民所有制企业招用农民合同制工人的规定》、《外商投资企业劳动管理规定》、《私营企业劳动管理暂行规定》、《乡村集体所有制企业条例》及《企业职工奖惩条例》、《违反和解除劳动合同的经济补偿办法》、《集体合同规定》、《违反<劳动法>有关劳动合同规定的赔偿办法》等。
